Krypta grobowa znajduje się pod zakrystią kościoła św. Mikołaja. Jest ona pozostałością dawnego kościoła romańskiego wymurowanego w 1134 r., który został rozebrany przed budową obecnego kościoła gotyckiego. Krypta ma wymiary 3.6 x 5.8 m. Wnętrze zostało wykonane dwupolowo, sklepione krzyżowo. Wysokość do strzałki sklepienia wynosi 2.2 m. Ściany są pokryte wapiennym tynkiem, co uniemożliwia identyfikację użytych materiałów.
Na zachodniej ścianie krypty znajduje się drewniany krzyż. Nieznane są imiona i nazwiska zmarłych osób, które kiedyś były pochowane w tej krypcie. Nie wiadomo również kiedy i gdzie zostały przeniesione ich szczątki.
Przypuszcza się, że w krypcie tej mógł być pochowany dobrodziej i budowniczy kościoła romańskiego. Zapewne był nim książę lub jakiś możnowładca. W 1927 r. krypta zaczęła być wykorzystywana jako kaplica przedpogrzebowa. Wykonano wówczas betonowe schody prowadzące z zewnątrz do kaplicy przy wschodniej ścianie zakrystii.

Na wzgórzu przed kościołem znajduje się drewnienia, piętrowa dzwonnica wybudowana w 1889 r. Została ona wniesiona na miejscu dzwonnicy murowanej z roku 1603. Dzwonnica wykonana jest na rzucie kwadratu, w konstrukcji słupowej, na kamiennej podmurówce. Część górna ma trójpolowe, półkoliste prześwity. Dach o kształcie namiotowym, kryty blachą miedzianą, zwieńczony kulą z krzyżem. W dzwonnicy wisiały niegdyś dwa cenne dzwony. Jeden był wykonany w warsztacie konwisarskim Aleksego Golcza w 1571 r w Warszawie. Znajdował się na nim następujący napis: ,,In Nomine Domini Amen. S. V. Jezus Christus. N. A. 1571”. Drugi większy dzwon był odlany w Gdańsku w 1751 r wraz z napisem: ,,In honorem Dei ad templum Grojetianum die 8 Maey anno 1751. Hoc opus Antonius Ostrowski custos Varsovien. Cancell. Cathedrall. Cracovien. Dei adjumento fudit Joh. Gotter Anthoni Gedan”.
Dzwony te pierwotnie znajdowały się na wieży przy zachodniej ściany kościoła, która została rozebrana w 1833 r. W 1914 r dzwony zostały zabrane przez Rosjan i przetopione na działa. Obecnie w dzwonnicy wiszą trzy dzwony. Jeden pochodzi z roku 1931. Kolejne dwa dzwony zostały odlane w 1963 r. Na największym dzwonie znajduje się napis „Na pamiątkę 1000-lecia chrztu Polski i dla uczczenia rządów J. Em. Ks. Kard. Stefana Wyszyńskiego Prymasa Polski. Powołały nas do życia szlachetne i ofiarne serca parafian grójeckich, staraniem ks. dziekana Stanisława Malesy. R. P. 1963”. Z drugiej strony znajduje się nazwa dzwonu: „Imię moje Maryja” i płaskorzeźba Matki Bożej Częstochowskiej. Na mniejszym dzwonie widnieje napis: „Pamiątka pontyfikatu papieża Jana XXIII i II Soboru Watykańskiego. R. P. 1963”. Z tyłu znajduje się nazwa dzwonu: „Imię moje Mikołaj” oraz płaskorzeźba przedstawiająca św. Mikołaja – patrona kościoła.

W dniach 25.06.-17.07.1976 r zostały przeprowadzone badania archeologiczne na wzgórzu kościelnym i w okolicy. Podczas badań wykonano trzynaście wykopów sondażowych w różnych miejscach w pobliżu kościoła. W bezpośrednim sąsiedztwie murów świątyni wykonano dwa wykopy: przy apsydzie i północnej ścianie kościoła. Pod warstwą ziemi odkryto liczne szkielety ludzkie świadczące o istnieniu tu średniowiecznego cmentarza. Przy szkieletach znaleziono medaliki religijne, pierścionek, brązową obrączkę, guziki rogowe, różaniec i fragmenty naczyń ceramicznych. Tylko w kilku przypadkach stwierdzono ślady trumny. Z uwagi na sposób ułożenia rąk zmarłych i odnalezione przedmioty przypuszcza się, że początek cmentarza przykościelnego przypada na wiek XIII, przy czym założono go w części wschodniej wzgórza, skąd rozprzestrzenił się ku zachodowi. Groby przy ścianie północnej kościoła wydają się być młodsze od grobów przy apsydzie. Wskazują na to m.in. ułożenie rąk zmarłych (na brzuchu) oraz obecność różańca i fragmentów naczyń zawartych w wykopach grobowych. Pozostałością cmentarza przykościelnego jest tablica nagrobna, wmurowana w ścianę południową kościoła, pod zegarem słonecznym. Upamiętnia ona Teodozję Raczyńską urodzoną w 1797, a zmarłą w 1817r. Był to częsty zwyczaj praktykowany w kościele – stare, zapomniane tablice nagrobne wmurowywano w elewację kościoła, aby przypominały o dawnych nekropoliach otaczających świątynie. W trakcie badań archeologicznych, przy północnej ścianie kościoła, znaleziono kamienny fundament niezidentyfikowanego budynku z około XVI wieku. Prawdopodobnie mógł on stanowić aneks do kościoła, analogiczny do zachowanego dziś tzw. skarbca przy zakrystii. Odkryto również fragmenty ceramicznej posadzki dawnego kościoła romańskiego z 1134 r, który znajdował się na miejscu obecnego kościoła gotyckiego. W górnych partiach wykopu występowało dużo gruzu ceglanego. Być może jest to cegła rozbiórkowa z zachodniej wieży kościoła, która została rozebrana w 1833 r. Zebrane materiały archeologiczne potwierdziły obecność na wzgórzu kościelnym osadnictwa starożytnego u schyłku XII wieku. Nie znaleziono jednak śladów umocnień obronnych wokół wzgórza kościelnego, co może świadczyć, że nie tu mieścił się gród.

W lewej nawie kościoła, w półkoliście sklepionej wnęce, znajduje się XVII-wieczna barokowa chrzcielnica z czarnego marmuru. Posiada puklowaną czaszę opartą na kwadratowym, poszerzonym u dołu, trzonie. W czaszy chrzcielnicy znajduje się miedziana misa przykryta od góry drewnianą, ośmiopolową pokrywą z płaskorzeźbionym ornamentem. Na trzonie chrzcielnicy wyryty jest herb Półkozic oraz wokół niego litery A W D P G, które są inicjałami imienia i nazwiska oraz pełnionej funkcji fundatora. Był nim Andreas Wilski Decanus Praepositus Grodecensis. Ks. Andrzej Wilski, pieczętując się herbem Półkozic, był proboszczem grójeckiej parafii w latach 1638-1662. Kiedy w połowie XVII w. sprowadzono do kościoła chrzcielnicę barokową, chrzcielnica gotycka z 1482 r. została przeniesiona w pobliże kruchty i stała się kropielnicą. W 2011 r. chrzcielnica barokowa została gruntownie odrestaurowana. Zamocowano wówczas nad pokrywą metalowy wysięgnik z siłownikiem oraz Gołębicę z rozwiniętymi skrzydłami – symbol Ducha Świętego.

Najstarszym i najcenniejszym ruchomym zabytkiem w kościele św. Mikołaja jest gotycka chrzcielnica przeznaczona na wodę święconą.

Została wykonana z białego piaskowca w kształcie kielicha. Czasza jest podzielona na osiem pół. Siedem pól zostało ozdobionych dekoracją maswerkową, a na ósmym umieszczono tarczę z herbem Półkozic fundatora. Pod herbem znajduje się podpis kamieniarza, który wykonał chrzcielnicę. Niżej zanotowano datę powstania chrzcielnicy – 1482 r. Wierzch czaszy chrzcielnicy posiada nieregularny brzeg spowodowany prawdopodobnie ostrzeniem szabel przez żołnierzy szwedzkich w czasie ich pobytu w Grójcu w 1655 lub 1656 r. Prawdopodobnie chrzcielnica mogła kiedyś stać w prezbiterium. Przy niej zapewne był ochrzczony ks. Piotr Skarga urodzony 2 lutego 1536 r w Grójcu. Obecnie znajduje się ona przy kruchcie, po prawej stronie i spełnia rolę kropielnicy.

Przy pierwszym filarze w prawej nawie znajduje się drewniana, późnorenesansowa ambona z początku XVII wieku.

Ma wieloboczny korpus z figurą Chrystusa Salwatora oraz czternaście figur apostołów i ewangelistów umieszczonych w niszach muszlowych. Nad amboną znajduje się baldachim ze stojącą na nim figurą św. Jana Chrzciciela i dwoma aniołami trzymającymi tarcze z napisem: Kto z Boga jest. Słów bożych słucha. Przepołowiona na styku z filarem figura św. Filipa może wskazywać na to, że ambona została zaprojektowana dla innego kościoła, a tu została przeniesiona. Prawdopodobnie ambona mogła zostać sprowadzona z kościoła Dominikanów w Warce, który został rozebrany w 1859 r. Przypuszczenie to potwierdza informacja, że w 1868 r ambona była odnawiana w Grójcu. W czasie montażu okazało się, że nie pasuje do filaru i wtedy postanowiono przepołowić figurkę św. Filipa. 6 września 1939 r ambona została uszkodzona w wyniku bombardowania kościoła. W 1940 r została częściowo naprawiona.

Krucyfiks, który znajduje się obecnie na południowej ścianie prezbiterium, między dwoma oknami, stanowił kiedyś główny ołtarz freskowy na wschodniej ścianie prezbiterium wraz z namalowanymi po jego bokach dwiema postaciami.

W 1870 r usunięto krucyfiks i wstawiono drewniany, neogotycki ołtarz składający się z trzech pól. W środkowej części umieszczono olejny obraz przedstawiający Chrystusa ukrzyżowanego, który został namalowany w 1868 r przez Rafała Hadziewicza. W bocznych polach ołtarza postawiono drewniane figury świętych Piotra i Pawła. Ołtarz był pomalowany na kolor jasno mleczny i bogato zdobiony. W 1956 r wymieniono ołtarz główny na nowy, również drewniany, który zachował się do dnia dzisiejszego. Ze starego ołtarza pozostawiono tylko obraz Hadziewicza ze sceną ukrzyżowania oraz figury świętych Piotra i Pawła. W czasie wymiany ołtarza głównego w 1956 r odsłonięto ścianę wschodnią prezbiterium, na której odnaleziono ślady pionowej belki krzyża i dwie mocno uszkodzone postacie, które kiedyś przed 1870 r tworzyły ołtarz freskowy.

Podczas II wojny światowej 6 września 1939 r w godzinach porannych spadły dwie bomby na kościół św. Mikołaja.

Pierwsza wybuchła na skwerze przed dzwonnicą, a druga przebiła dach i wybuchła w lewej części nawy przy ołtarzu św. Mikołaja (obecnie ołtarz z obrazem Matki Boskiej Różańcowej). W wyniku eksplozji została zniszczona posadzka, uszkodzony ołtarz i ambona, pęknięty mur kościoła, pokaleczona tablica poświęcona Piotrowi Skardze, potłukły się częściowo stacje Drogi Krzyżowej oraz wypadły witraże z okien. Udało się jednak zebrać potrzebne fundusze i materiały na naprawę dachu, tak że 8 grudnia 1939 r w kościele były odprawiane nabożeństwa. Ołtarz z olejnym obrazem św. Mikołaja został poważnie uszkodzony i nie odbudowany. Na jego miejscu 8 grudnia 1943 r stanął nowy ołtarz z olejnym obrazem Matki Boskiej Różańcowej.

Jednym z najcenniejszy zabytków kościoła św. Mikołaja jest drewniany krucyfiks z około 1520 r.

Nieznany jest artysta oraz miejsce powstania rzeźby. Rzeźba Chrystusa ukrzyżowanego jest niemal naturalnej wielkości. Na głowie znajduje się cierniowa korona, a wyżej tabliczka z literami: INRJ – Jesus Nasarenus Rex Judeorom (Jezus Nazarejczyk Król Żydowski). Na prawym boku Jezusa widoczny jest ślad przebicia włócznią. Krucyfiks był wypożyczany na wystawy w kraju i za granicą. W 1962 r był eksponowany w Muzeum Narodowym w Warszawie, a około 1977 r na wystawie Złoty Wiek w Polsce w jednym z zamków w Austrii. W kościele św. Mikołaja krucyfiks znajdował się na wewnętrznej, wschodniej ścianie prezbiterium, gdzie razem z namalowanymi po jego bokach dwiema postaciami tworzył ołtarz freskowy. W 1870 r krucyfiks został przeniesiony na zewnątrz kościoła i zamocowany we wnęce okiennej na wschodniej ścianie. W latach osiemdziesiątych figura Chrystusa została przeniesiona do prezbiterium i umieszczona między oknami ściany południowej.

Przy zachodniej ścianie kościoła, od strony drzwi wejściowych, stała wieża ceglana z zegarem i dwoma dzwonami.

Jeden dzwon został wykonany około 1570 r w Warszawie, a drugi w 1751 r w Gdańsku. W 1833 r wieża została rozebrana, ponieważ osuwała się i groziła zawaleniem. Wykonano wówczas nową elewację, w której nad wielkimi drzwiami wybito dwa okna: ostrołukowe i okrągłe. W nowej elewacji widoczne są ślady po wieży w postaci dwu pasów o szerokości równej grubości ścian. Przed rozbiórką zegar mechaniczny znajdujący się na wieży został sprzedany do Góry Kalwarii. Oba dzwony zdjęte z wieży zawieszono później w drewnianej dzwonnicy wybudowanej w 1889 r przed kościołem. W 1914 r dzwony zostały zabrane przez Rosjan i przetopione na działa.

Na południowej ścianie kościoła ks. Wawrzyniec Pindowicz wymurował okrągły, piaskowcowy zegar słoneczny w 1621 r.

Na środku tarczy znajduje się słońce, a na obwodzie skala godzinowa oraz inskrypcja w języku łacińskim zaczerpnięta z Nowego Testamentu: Czuwajcie, bo nie znacie dnia ani godziny. R.P. 1621. Dokładnie ze środka zegara wystaje gnomon - prosty pręt, którego cień padający na zegar wyznacza godzinę. Zarówno zegar słoneczny jak i tablica memoratywna nad wielkimi drzwiami zostały wykonane w tym samym czasie i przez tego samego artystę.

Pod zegarem słonecznym, w dolnej części muru, zachowała się prostokątna płyta epitafijna (nagrobkowa) z szarego marmuru poświęcona Teodozji Raczyńskiej zmarłej w 1817 r w wieku 19 lat.

Był to jeden z ostatnich pochówków na cmentarzu przykościelnym; później cmentarz został przeniesiony na ul. Mszczonowską. W chwili obecnej napisy znajdujące się na płycie są w złym stanie i bardzo ciężko jest je odczytać. Znajduje się tam ,,poezja” następującej treści:

Teodozji Raczyńskiej.
Matka i siostry co Cię utraciły,
Roniąc w tęsknocie łez gorzkich potoki,
O Teodozjo! tym głazem pokryty,
W smutku bez granic, ach! w ciężkiej żałobie,
Stąd nam się tylko źródło ulgi sączy,
Że Cię śmierć blada w zimnym składa grobie,
A Bóg i wieczność na zawsze nas złączy,
Urodziła się d. 20 lipca 1797
Umarła d. 2 stycznia 1817 roku.