Podczas II wojny światowej 6 września 1939 r w godzinach porannych spadły dwie bomby na kościół św. Mikołaja.

Pierwsza wybuchła na skwerze przed dzwonnicą, a druga przebiła dach i wybuchła w lewej części nawy przy ołtarzu św. Mikołaja (obecnie ołtarz z obrazem Matki Boskiej Różańcowej). W wyniku eksplozji została zniszczona posadzka, uszkodzony ołtarz i ambona, pęknięty mur kościoła, pokaleczona tablica poświęcona Piotrowi Skardze, potłukły się częściowo stacje Drogi Krzyżowej oraz wypadły witraże z okien. Udało się jednak zebrać potrzebne fundusze i materiały na naprawę dachu, tak że 8 grudnia 1939 r w kościele były odprawiane nabożeństwa. Ołtarz z olejnym obrazem św. Mikołaja został poważnie uszkodzony i nie odbudowany. Na jego miejscu 8 grudnia 1943 r stanął nowy ołtarz z olejnym obrazem Matki Boskiej Różańcowej.